Samma år antogs han som student vid Medical School, University of Iowa. Efter tre år avbröt han medicinstudierna för att istället arbeta tillsammans med Daniel D. Palmer, kiropraktikens grundare, vid Palmer School of Chiropractic. Ett par år senare flyttade Smith till Chicago där han öppnade en egen kiropraktorklinik. Samtidigt bröt han med Palmer och dennes teori om mekaniska störningar i ryggraden som allenarådande sjukdomsorsak. Oakley Smith hade en annan teori och skulle snart få stöd för sina tankar. Under den här perioden forskade Smith och var delaktig i ett stort antal dissektioner och under dessa gjorde han de fynd som ledde fram till hans teori om att ”connective tissue” kunde vara orsak till smärta och nedsatt funktion. Under en studieresa i Europa kom han i kontakt med de manuella behandlingar som fanns inom den folkliga traditionen i Böhmen (dagens Tjeckien). Smith blev fascinerad och tillbaka i USA sökte han upp böhmska utvandrare för att lära sig mer om dessa manuella behandlingsformer. De lärdomar han drog skulle få en avgörande betydelse för naprapatins utveckling.

1906 gav Smith tillsammans med ett par andra författare ut boken “A Textbook of Modernized Chiropractic”. I boken beskrevs det som Smith senare skulle benämna naprapati*. 1907 startade Smith den första utbildningen inom naprapatin, Oakley Smith School of Naprapathy i Chicago. Därmed lades grunden för naprapatin, både som företeelse och behandlingsform. 1949 startades ytterligare en skola i Chicago, National College of Naprapathy. När de båda skolorna slogs samman 1971 ändrades namnet till Chicago National College of Naprapathy (idag: National College of Naprapathic Medicine).

* Ordet naprapati har sitt ursprung i det tjeckiska ordet ”napravit” som betyder korrigera och det grekiska ordet ”pathos”, som betyder lidande. Som helhet ger detta naprapatin innebörden ”korrigera orsak till lidande”.